A hidrogén kilégzéses vizsgálattal fájdalommentesen kimutatható a tejcukor érzékenység (laktózintolerancia), a kontaminált vékonybél szindróma, és a gyümölcscukor érzékenység (fruktóz intolerancia).
A laktóz a tejben előforduló diszacharid, melyet a laktáz nevű enzim alakít át a vékonybélben felszívódó glükózzá és galaktózzá. Ha ez az enzim hiányzik, akkor a szervezet nem tudja átalakítani és hasznosítani a tejből származó cukrot. A kontaminált vékonybél szindróma esetében a vékonybélbe vastagbél-baktériumok jutnak, melyek erjedéses folyamatokat indítanak el, ami által károsodik a bélfal. A fruktóz (gyümölcscukor) egy monoszacharid, mely a bélből történő felszívódást követően egy enzim segítségével (fruktóz-1-foszfát-aldoláz) glükózzá (szőlőcukor) alakul. Ha hiányzik a szervezetből a lebontó enzim, akkor nem jön létre az átalakulás, aminek következtében leesik a vércukor, és olyan toxikus anyagok szabadulnak fej, melyet károsítják a májat. A vizsgálat során elfogyasztott tesztfolyadék bomlása során hidrogéngáz keletkezik, mely a véráramba felszívódik és a tüdőn keresztül kilégzéskor távozik.
Megfelelő előkészítés után a páciens elfogyaszt egy laktóz, fruktóz vagy laktulóz tartalmú tesztfolyadékot. A vizsgálat alatt 180 percen keresztül 20 -30 percenként a kilélegzett levegőt egy – a mérőműszerhez csatlakoztatott – csutorába kell fújni a hidrogén szint emelkedésének mérése céljából.